Комитет уголовно-исполнительной системы увеличил расходы на содержание осужденных в 2006 году на 49,6% (с Т7,6 млрд в 2003 году до Т11,3 млрд в 2006 году), несмотря на то, что в республике наблюдалось снижение численности осужденных с 54,7 тыс. человек в 2003 году до 42,2 тыс. человек в 2006 году. Кроме того, Счетным комитетом установлено необоснованное увеличение штатной численности сотрудников учреждений уголовно-исполнительной системы. Так, в 2006 году в исправительном учреждении Жамбылской области на каждых 10 осужденных приходилось 10 сотрудников учреждения, в исправительном учреждении Кызылординской области - 60 сотрудников.

Департаментом строительства Астаны большинство конкурсов по госзакупкам проводилось при отсутствии проектно-сметной документации, прошедшей гос-экспертизу. В ходе строительства объектов образования, здравоохранения и жилья департаментом строительства необоснованно приняты акты выполненных  работ за невыполненные объемы работ на общую сумму Т1,5 млрд, в том числе - ТОО "BI-Group" на сумму Т399,1 млн и ТОО "Мотив-Елiм" на сумму Т129,8 млн.

Агентство по делам государственной службы и Центр по недвижимости Астаны не осуществляли на должном уровне контроль за качеством услуг по приобретению жилья на сумму Т349,1 млн. Из этой суммы Т314,2 млн находятся в компании "Актив", не выполнившей договорные обязательства, Т34,9 млн вложены Центром по недвижимости на депозитный счет банка ЦентрКредит. По результатам контроля компании "Актив" начислена неустойка в размере Т15,7 млн, подлежащая взысканию в республиканский бюджет.

Нарушения, выявленные в хозуправлении парламента, связаны с транспортом. По данным Счетного комитета, "депутаты, сотрудники аппарата парламента превысили объем транспортных расходов в 2005 году на Т61,4 млн, в 2006 году - на Т82,4 млн".  

По итогам проверок госорганам даны рекомендации по улучшению финансовой дисциплины, эффективному использованию средств республиканского бюджета.